L'approche moléculaire proposée devrait permettre une estimation robuste de la diversité α et β ainsi qu'une caractérisation des réseaux d'interaction microbien, apportant une compréhension plus intégrée de la structure des communautés symbiotiques et des règles écologiques contrôlant l'assemblage au sein de ces communautés.

• Séquençage illumina de marqueurs taxonomiques nucléiques (ITS, 18S, 16S) à l'échelle de la communauté
• Séquençage illumina de marqueurs fonctionnels à l'échelle de la communauté

Des approches traditionnelles seront aussi mis en place afin d’identifier aux niveaux taxonomique et fonctionnel des collections environnementales de spores de CMA et de bactéries endophytes.

• Traits mycorhiziens (abondance des spores CMA, taux de colonisation, etc...)
• Caractérisation Multi-locus d'isolats bactériens